Производство полностью нового поколения Clio было начато весной 1998 года, автомобиль получил более округлый дизайн, по сравнению с предшественником. В новой модификации многие детали были из новых на то время материалов, например, передние крылья были сделаны из пластмассы, а в некоторых версиях капот был алюминиевым. Это было сделано для того, чтобы уменьшить вес и снизить стоимость ремонта. Изначально линейка двигателей оставалась с предыдущей модификации (бензин 1.2 л., 1.4 л., 1.6 л., дизель 1.9 л.). В начале 1999 года добавилась спортивная версия 2 л. (16 клапанов), а в дальнейшем все старые бензиновые двигатели были заменены на более мощные и более экономичные версии с 16-ю клапанами.

Весной 2001 года произошло обновление внешнего вида, улучшилось качество отделки салона и в гамме двигателей появился 1.5-литровый дизель с прямым впрыском топлива.

В 1999 году, появилась 172-сильная версия Clio RS 172 (сокращение от «Renault Sport») с 2.0-литровым, 16-клапанным двигателем и максимальной скоростью 220 км/ч. Автомобиль отличался удивительно хорошей динамикой и управляемостью. В линейке Clio также появляется экзотическая центрально-моторная версия с приводом на задние колеса — Renault Sport Clio V6 с 3.0-литровым двигателем V6, позаимствованным от Renault Laguna, и размещенным вместо заднего ряда сидений. Максимальная скорость версии RS Clio V6 составляет 235 км/ч. Внешне, даже по сравнению с достаточно «заряженной» версией RS 172, Clio V6 выглядит как «накачанный стероидами» автомобиль. Уже через год двигатель был доработан и получил дополнительных 25 л.с., что положительно сказалось на динамике разгона (5.8 с) и максимальной скорости (245 км/ч).

Всего выпущено около 7 миллионов автомобилей второго поколения.